De termen facturatieprogramma (of facturatietool of facturatiesoftware) en boekhoudprogramma worden dikwijls door elkaar gebruikt, ook al is er een groot verschil tussen beiden. Met een facturatieprogramma kan een zelfstandige ondernemer in basis verkoopfacturen maken. Daarbij zitten dan meestal nog extra mogelijkheden zoals het maken van offertes, het verzenden van deze documenten in pdf-formaat, het opvolgen van de betalingen of het verzenden van herinneringen.
Een boekhoudprogramma wordt in principe gebruikt door de boekhouder van de ondernemer. In een boekhoudprogramma beheert de boekhouder of accountant de verkoopfacturen die hij van de ondernemer heeft ontvangen, maar ook bijvoorbeeld diens aankoopfacturen of andere administratieve documenten. Daarenboven genereert een boekhoudprogramma ook boekhoudkundige verplichtingen zoals een resultatenrekening en een balans.
Het mooie is dat deze programma’s mooi kunnen samenwerken. Daar waar er een ondernemer vroeger zijn facturen uit zijn facturatieprogramma moest afdrukken en zo aan zijn boekhouder moest bezorgen die deze documenten dan in zijn boekhoudprogramma ingaf, kan dat tegenwoordig gelukkig veel eenvoudiger. Veel facturatieprogramma’s hebben immers de mogelijkheid om automatisch facturen te verzenden naar het boekhoudprogramma van de boekhouder van de ondernemer. Deze samenwerking tussen het facturatie- en het boekhoudprogramma levert dus tijdswinst op voor de ondernemer én de boekhouder!